rerun.txtの中には、失敗したフィーチャのファイル名が記録されており、次にcucumberを実行する際に最初に実行されるようになっているようです。
しかも、このファイルはAll Greenになっても削除されない上、例えば何らかの事情でrerun.txtに記載されているファイルが削除されてしまった場合、ファイルが見つからずにエラーとなってしまいます。
そして、これはトピックブランチを切り替えるときによく発生し、(チームメンバーが)いつも頭を悩ませていました。
そこでgithooksですよ。
リポジトリのルートディレクトリの.git/hooks/に、post-checkoutというファイルを以下の内容で作成し実行権限を付けることで、git checkoutを実行した際にrerun.txtがあれば削除することができます。
gitには他にもフックポイントがあるのですが、全てのコマンドのpre、postに対応しているわけではないようです。
詳しくは man githooks を参照ください。